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如何確認百日咳感染，最重要是要有高度的警覺性，有長期咳嗽或是臨床上有嚴重陣發性咳嗽，之後出現吸氣困難的喘鳴聲就要高度懷疑是否感染到百日咳。  一般來說，百日咳的典型症狀容易出現在小孩身上，但合併症的產生容易發生在1歲之內（尤其是在6個月以下的小小孩）；容易併發的疾病有肺炎、痙攣或是腦部病變而造成死亡，百日咳在青少年或一般成人很少出現有嚴重的症狀，大部份都是輕微的感冒症狀而已，所以大人是家中小孩受到感染最主要的來源。 

除了要由臨床症狀去高度懷疑之外，抽血檢查以及鼻咽腔黏液細菌培養可以確定診斷，另外免疫學之類的檢查及螢光顯微鏡檢查也可以做輔助性的診斷。除此之外可以尋問家中的小孩是否確實完成預防注射接種，由於我們國內預防接種的普及性已經大大降低百日咳感染，所以家長不可輕乎預防接種的重要。
  
如果能夠早期診斷及治療可以縮短此症狀的病程及傳染力，甚至小小孩的死亡率都可以大大降低。  

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